ต้นทุนบัตรทอง เป็นปัญหาใหญ่ โดยเครือข่ายโรงพยาบาลศูนย์และโรงพยาบาลทั่วไปได้หารือร่วมกัน พบสัญญาณว่าการจ่ายค่าบริการผู้ป่วยในของกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ (บัตรทอง ) มีต้นทุนค่ารักษาที่ไม่เท่ากัน ทำให้เกิดปัญหาสภาพคล่องในหลายโรงพยาบาล